Babiogórski Park Narodowy prowadzi współpracę z:

- Stowarzyszenie Gmin Babiogórskich,  
- Władze samorządowe, 
- Gminne Centrum Kultury, Promocji i Turystyki, 
- Orawskie Centrum Kultury,
- Orawski Park Etnograficzny, 
- Stowarzyszenie Inicjatyw Babiogórskich, 
- Grupa - Partnerstwo "Łączy nas Babia Góra", 
- Fundacja Sendzimira, Fundacja Partnerstwo dla Środowiska, 
- Zawojskie Stowarzyszenie Właścicieli Lasów Prywatnych, 
- Regionalne Centrum Ekologiczne na Europę Środkową i Wschodnią, 
- Małopolskie Stowarzyszenie Promocji Agroturystyki, 
- Klub "Gaja", 
- Towarzystwo przyjaciół Orawy, 
- Przyjaciele Babiej Góry, 
- Małopolski Ośrodek Doradztwa Rolniczego, 
- PTTK Oddział Ziemi Babiogórskiej, 
- Małopolskie Centrum Doskonalenia Nauczycieli w Krakowie, 
- GOPR, 
- Babiogórska Grupa Krótkofalowców w Makowie Podhalańskim, 
- Euroregion Beskidy,
- Koło Przewodników Beskidzkich i Terenowych,
- Oddział PTTK "Gorce" w Nowym Targu,

Współpraca zagraniczna:

- Chranena Krajina Oblast "Horna Orava",  
- Zdrużenie Babia Hora, 
- Ecological Tourism in Europe (ETE),
- Obec Oravska Polhora,
- Park Narodowy Sumava,
- Park Narodowy Aggtelek,