Pomimo, że do najcenniejszych walorów Babiej Góry zalicza się piętro alpejskie, Babiogórski Park Narodowy należy uznać za park typowo leśny. Blisko 85% powierzchni Parku pokryte jest przez różnorakie ekosystemy leśne. Porastają one zarówno północne, jak i południowe zbocza Babiej Góry aż do wysokości ok. 1360 m n.p.m., na której to wysokości przebiega granica pomiędzy reglem górnym, a piętrem kosodrzewiny.

Babiogórskie lasy nie są homogeniczne. Charakteryzuje je wyraźne zróżnicowanie, zarówno w zależności od składu gatunkowego, zbiorowisk roślinnych, wieku, stanu zachowania czy nawet historii użytkowania przez człowieka. Różnorodność ta znalazła swoje odzwierciedlenie w sposobach ochrony, jakimi objęte są poszczególne fragmenty lasu.

Najcenniejsze partie babiogórskich lasów objęte zostały ochroną ścisłą. Dotyczy to czterech fragmentów w reglu dolnym, porośniętych przez doskonale zachowane pozostałości pierwotnej puszczy karpackiej z buczynami i borami mieszanymi oraz pas świerczyny w reglu górnym. Lasy te nie zostały dotknięte w przeszłości silnym wpływem człowieka, dlatego też odznaczają się bardzo wysokim stopniem naturalności. Stanowią one swoiste sanktuarium przyrody, która rządzi się tutaj swoimi prawami, nie narażona na jakąkolwiek ingerencję z ludzkiej strony. Obecność człowieka ograniczona jest tutaj wyłącznie do prowadzenia badań i monitoringu, jak i również do poruszania się po znakowanych szlakach turystycznych, jako że obszary te stanowią jedne z nielicznych już w polskich górach miejsc, gdzie można zobaczyć las kształtowany przez siły natury.

Znaczna część lasów położonych w reglu dolnym była niegdyś użytkowana przez człowieka, przy czym użytkowanie to miało niejednokrotnie bardzo intensywny charakter. Efektem tego było wprowadzenie na obszary porośnięte przez buczynę lub bór mieszany jednogatunkowych drzewostanów świerkowych. Tereny te objęte są obecnie ochroną czynną dopuszczającą różne formy ingerencji człowieka, a zmierzającą do przywrócenia tym ekosystemom formy możliwie najbliższej stanowi naturalnemu, właściwemu dla danego siedliska. Fakt niegdysiejszego przekształcenia lasów dolnoreglowych w monokultury świerkowe sprawia dodatkowo, że ich odporność na czynniki zewnętrzne, takie jak infekcje grzybów pasożytniczych, ataki owadów czy gwałtowne wiatry jest niska. Działania podejmowane w celu czynnej ochrony lasów na tej wysokości ukierunkowane są w związku z tym również na podniesienie ich odporności, jak również na zmniejszenie liczebności populacji owadów uszkadzających drzewa.

Blisko 4% powierzchni Babiogórskiego Parku Narodowego stanowią grunty prywatne oraz należące do wspólnoty gruntowej i leśnej. Obszary te objęte są specjalnym typem ochrony, a mianowicie ochroną krajobrazową, której podstawowym celem jest umożliwienie zrównoważonego użytkowania tych terenów przy jednoczesnym zachowaniu ich walorów krajobrazowych.