Ochrona gatunkowa roślin, zwierząt i grzybów jest jedną z form ochrony przyrody w rozumieniu Ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. 04.92.880 ze zmn.). Ma ona na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących rzadkich, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie przepisów umów międzynarodowych gatunków roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk i ostoi, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.

Ochrona gatunkowa może mieć charakter ochrony ścisłej bądź częściowej. Ochrona ścisła polega na zakazie pozyskiwania, umyślnego niszczenia i uszkadzania, preparowania, sprzedawania, kupowania oraz wywożenia za granicę całych okazów i ich części. Zabronione jest także umyślne niszczenie siedlisk gatunków chronionych oraz stosowanie środków chemicznych w pobliżu stanowisk chronionych roślin. Rośliny podlegające ochronie częściowej mają ściśle określone przepisy dotyczące ich pozyskiwania - zbioru roślin na wyznaczonych obszarach i w uzgodnionych ilościach mogą dokonywać wyłącznie osoby upoważnione imiennie do wykonywania tej działalności. W odniesieniu do zwierząt objętych ochroną zabronione jest ich zabijanie, okaleczanie, chwytanie, transport, pozyskiwanie, przetrzymywanie, posiadanie żywych zwierząt, okazów martwych lub ich części, a także niszczenie siedlisk i ostoi oraz wybieranie, posiadanie i przechowywanie jaj.

Wszelkie kwestie szczegółowe związane z ochroną gatunkową roślin, zwierząt i grzybów są unormowane prawnie na poziomie rozporządzenia ministra właściwego do spraw środowiska. W odniesieniu do ochrony zwierząt aktem wykonawczym jest Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 28 września 2004 r. w sprawie gatunków dziko występujących zwierząt objętych ochroną (Dz. U. 2004 nr 220 poz. 2237), wobec roślin i grzybów jest to Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 lipca 2004 r. w sprawie gatunków dziko występujących roślin objętych ochroną (Dz. U. 2004 nr. 168 poz. 1764), zaś w sprawie grzybów jest to Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 lipca 2004 w sprawie gatunków dziko występujących grzybów objętych ochroną (Dz. U. 2004 nr 168 poz. 1765).

Należy jednocześnie podkreślić, że na mocy ustawy o ochronie przyrody na obszarze parku narodowego ochronie podlega cała przyroda oraz walory krajobrazowe. Oznacza to w praktyce, że na terenie Babiogórskiego Parku Narodowego ochronie podlegają wszystkie występujące tutaj gatunki roślin, zwierząt i grzybów, w tym także te, które nie są wymienione stosownych rozporządzeniach o ochronie gatunkowej. Trzeba więc pamiętać wędrując po babiogórskich szlakach, że chronione są tutaj nawet te gatunki, które należą do najpospolitszych.