Jeszcze całkiem niedawno zaliczane do roślin, a obecnie tworzące samodzielne królestwo grzyby i porosty należą do najbardziej wszędobylskich organizmów na świecie. Spotkać je można we wszystkich strefach klimatycznych i na bardzo różnych siedliskach. Ich kosmopolityczny charakter widać także na Babiej Górze, gdzie występują od podnóży masywu, aż po jego szczyt. Zaskakująca może też być różnorodność tych organizmów w warunkach babiogórskich. Na obszarze Parku stwierdzono obecność 993 gatunków grzybów wielkoowocnikowych (grupa ta obejmuje także wszystkie popularne grzyby kapeluszowe) oraz 329 gatunków porostów.

Spośród dużej, jak na stosunkowo niewielki obszar, liczby grzybów wielkoowocnikowych jedynie 9 objętych jest ochroną ścisłą. Są to: wilgotnica czapeczkowata (Hygrocybe calyptriformis), płomykówka galaretowata (Tremiscus helvelloides), sarniak dachówkowaty (Sarcodon imbricatus), buławka obcięta (Clavariadelphus truncatus), buławka pałeczkowata (Clavariadelphus pistillaris), buławka spłaszczona (Clavariadelphus ligula), soplówka gałęzista (Hericium ramosum), soplówka jodłowa (Hericium coralloides) oraz smardz wyniosły (Morchella elata). Wymienione gatunki to częstokroć grzyby o niezwykle efektownych owocnikach, które same w sobie stanowią walor babiogórskich lasów.

Znacznie więcej przedstawicieli babiogórskiej mykoflory widnieje na czerwonej liście grzybów zagrożonych w Polsce. W zestawieniu tym ujęto 163 gatunki, co stanowi 16% ogółu grzybów wielkoowocnikowych odnotowanych na obszarze Babiogórskiego Parku Narodowego. Wśród nich znajduje się stroczek leśny (Serpula himantioides), gatunek jeszcze do niedawna uznany za wymarły na terenie Polski, a także 11 gatunków z kategorią zagrożenia "wymierający". Wiele grzybów występujących na Babiej Górze jest też istotnych z perspektywy międzynarodowej - 21 gatunków z obszaru Babiej Góry widnieje na czerwonej liście grzybów zagrożonych w Europie, przy czym w kilku przypadkach status zagrożenia w skali europejskiej różni się od tego, jaki został określony na czerwonej liście grzybów zagrożonych w Polsce.

Babia Góra stanowi także istotny element z punktu widzenia polskiej lichenobioty. Z 329 gatunków porostów stwierdzonych w Babiogórskim Parku Narodowym 181 widnieje na czerwonej liście porostów zagrożonych w Polsce, co czyni z tego obszaru ważną ostoję dla gatunków rzadkich i zagrożonych. Trzy gatunki porostów mają na Babiej Górze swoje jedyne stanowiska w Polsce, zaś dwa inne - jedyne w całych Karpatach. Rys charakterystyczny babiogórskiej lichenobiocie nadaje też obecność znacznej liczby gatunków górskich, wśród których na szczególną uwagę zasługują gatunki wysokogórskie występujące w piętrach subalpejskim i alpejskim.