Bogactwo i zróżnicowanie siedlisk przyrodniczych znajduje swoje odzwierciedlenie w mnogości organizmów zwierzęcych, jakie zasiedlają zbocza najwyższej w polskich Beskidach góry. Fauna Babiej Góry liczy blisko 4500 gatunków i podgatunków, co stanowi 14% fauny Polski. Pomimo, że na omawianym obszarze niewiele jest gatunków, o których można by powiedzieć, że są ograniczone w swoim występowaniu wyłącznie do Babiej Góry, wartość fauny tego terenu należy uznać za wysoką. Jest to związane ze specyfiką terenu, która sprawia, że ponad 70 gatunków zwierząt stwierdzonych na Babiej Górze to gatunki wysokogórskie, a co za tym idzie ich zasięg w Polsce ma wysoce ograniczony charakter.

Wartość fauny babiogórskiej znajduje potwierdzenie w liczbie gatunków objętych ochroną prawną. 188 gatunków zwierząt (4% fauny babiogórskiej) podlega ochronie, zarówno ścisłej, jak i częściowej. Spośród tej liczby 3/4 to kręgowce, w ogromnej większości ściśle chronione. Ich występowanie na obszarze Babiogórskiego Parku Narodowego jest związane z charakterem tego obszaru i historią jego użytkowania. Niedostępność terenów szczególnie wyraźna na stoku północnym, która uniemożliwiała jego gospodarcze bądź osadnicze wykorzystanie pozwoliła na zachowanie lasów w stanie wysoce naturalnym. Predysponuje to te obszary do bycia swoistym matecznikiem dla wielu rzadkich gatunków zwierząt, w tym także dla rzadkich w innych częściach Polski dużych ssaków.

Szereg gatunków zwierząt żyjących na Babiej Górze to zwierzęta zagrożone w skali kraju, co upoważnia umieszczenie ich w Polskiej Czerwonej Księdze Zwierząt. Spośród bezkręgowców w zestawieniu tym ujęte zostały: krytycznie zagrożone (kategoria zagrożenia - CR) kowalina łuskoskrzydła (Lacon lepidopterus), klecanka rdzaworożna (Polistes gallicus) i Mesogona acetosellae, zagrożone (kategoria zagrożenia - EN) biegacz Fabrycjusza (Carabus fabricii) i nadobnica alpejska (Roslia alpina) oraz narażona (kategoria zagrożenia - VU) trajkotka czerwona (Psophus stridulus). Należy zaznaczyć, że wspomniana wyżej nadobnica alpejska ujęta została w wydanej w roku 2003 "Monografii fauny Babiej Góry", jednak jej ostatnie stwierdzenie na omawianym obszarze pochodzi z 1917 roku.

Wśród kręgowców występujących na Babiej Górze znajduje się 25 gatunków zagrożonych w skali kraju, ujętych w Polskiej Czerwonej Księdze Zwierząt. Reprezentują one różne kategorie zagrożenia: krytycznie zagrożone (kategoria CR): głuszec (Tetrao urogallus) i żołędnica (Eliomys quercinus); zagrożone (kategoria EN): cietrzew (Tetrao tetrix) i żbik (Felis silvestris); narażone (kategoria VU): dzięcioł trójpalczasty (Picoides tridactylus) i gniewosz plamisty (Coronella austriaca); bliskie zagrożenia (kategoria NT): głowacz pręgopłetwy (Cottus poecilopus), traszka grzebieniasta (Triturus cristatus), dzięcioł białogrzbiety (Dendrocopos leucotos), płochacz halny (Prunella collaris), puchacz (Bubo bubo), wilk (Canis lupus), ryś (Lynx lynx), niedźwiedź (Ursus arctos), mroczek pozłocisty (Eptesicus nilssonii), koszatka (Dryomys nitedula) oraz popielica (Glis glis); najmniejszej troski (kategoria LC): traszka karpacka (Lissotriton montandoni), puszczyk uralski (Strix uralensis), włochatka (Aegolius funereus), sóweczka (Glaucidium passerinum), mroczek posrebrzany (Vespertilio murinus) i darniówka tatrzańska (Microtus tatricus). Obecność dwóch z nich budzi pewne wątpliwości, chodzi mianowicie o puchacza i żbika. Pierwszy z nich jest gatunkiem zalatującym jedynie na teren Parku, natomiast żbik nie był stwierdzany na Babiej Górze przez ostatnie kilka dekad. Na uwagę zasługuje natomiast żołędnica, dla której Babia Góra jest jedynym obecnie miejscem występowania w Polsce.