Pod pojęciem przyrody nieożywionej kryje się wiele elementów stanowiących abiotyczny składnik ekosystemów. Jako główne należy wymienić tutaj glebę, atmosferę, wody oraz utwory skalne. Wymienione wyżej elementy są chronione na różne sposoby choć w Babiogórskim Parku Narodowym w większości przypadków jest to bardziej inwentaryzacja i rejestracja zmian zachodzących w tych utworach niż konkretne zabiegi ochronne.

Ochrona powietrza to w głównej mierze obserwacja zjawisk klimatycznych jak również kontrola zanieczyszczeń powietrza - szczęśliwie, w okolicy Babiogórskiego Parku Narodowego brak silnych ośrodków emitujących zanieczyszczenia, dzięki czemu notowane na obszarze Parku zanieczyszczenia są znikome.

Podobnie ma się z ochroną wód. Brak źródeł zanieczyszczeń wód w sercu Parku, gdzie biorą początek cieki wodne powoduje, że wody płynące mają tutaj pierwszą klasę czystości. Gorzej jest jednak w niższych partiach szczególnie wzdłuż dróg oraz szlaków turystycznych skąd co roku z potoków wydobywa się po kilkadziesiąt worków odpadków pozostawianych przez niefrasobliwych turystów. W ramach ochrony ekosystemów wodnych prowadzi się również analizy czystości wód w miejscach gdzie może dojść do jej zanieczyszczeń z przydomowych oczyszczalni ekologicznych. Ponadto inwentaryzowane są wszystkie ciekawe i rzadkie zjawiska wodne jak również notowane są wahania poziomów wody w wybranych stawkach i potokach.

Inwentaryzacji przyrodniczej podlegają również wszystkie formy geologiczne - wychodnie skalne, żleby, osuwiska, jaskinie oraz inne rzadkie i ciekawe elementy rzeźby powierzchni Ziemi. Większość najciekawszych utworów znajduje się w partiach szczytowych objętych w całości ochroną ścisłą wykluczającą ingerencję człowieka, co stanowi najlepszą formę ochrony dla znajdujących się tam obiektów.

Ochrona gleby realizowana jest z reguły nie bezpośrednio, ale w ramach ochrony innych elementów ekosystemu jak np. usuwanie nadmiaru biomasy z łąk w drodze koszenia. Ten zabieg zapobiega nadmiernemu zakwaszeniu i bielicowaniu gleby, a przez to przyczynia się do utrzymania różnorodności gleb na obszarze chronionym.