Na obszarze Babiogórskiego Parku Narodowego w celu zachowania walorów przyrodniczych i kulturowych są wprowadzone trzy rodzaje ochrony: ścisłą, czynną i krajobrazową.

Ochroną ścisłą objęte jest 1282,03 ha. W skład obszaru ochrony ścisłej wchodzą: piętro halne, piętro kosodrzewiny, górnoreglowy bór świerkowy oraz fragmenty lasów regla dolnego. Istota ochrony ścisłej polega na całkowitym zaniechaniu na tych obszarach bezpośredniej ingerencji człowieka, bowiem celem tego rodzaju ochrony jest zachowanie w stanie naturalnym ekosystemów i zachodzących w nich procesach (np. naturalnych odnowień, rozkładu leżącego w dnie lasu drewna). Powierzchnie Babiogórskiego Parku Narodowego objęte ochroną ścisłą udostępniane są w celach naukowych i turystycznych.

Największą powierzchnię Babiogórskiego Parku Narodowego zajmują obszary objęte ochroną czynną - 1929,75 ha. Obejmują one drzewostany porastające regiel dolny, które w wyniku dawnej gospodarki człowieka zostały w znacznym stopniu przekształcone. W przeważającej części są to drzewostany świerkowe wymagające pewnej przebudowy. Na terenach objętych ochroną czynną prowadzi się więc działania zmierzające do przywrócenia lasom właściwego składu gatunkowego i odpowiedniej struktury.

Obszary ochrony krajobrazowej zajmują 181,64 ha. Są to tereny prywatne, wspólnot gruntowych oraz obszary znajdujące się poza zwartym kompleksem Babiogórskiego Parku Narodowego. W tych obszarach mieszczą się niezwykle cenne śródleśne polany, lasy Małej Babiej Góry, a także tereny służące działaniom edukacyjnym, obsłudze ruchu turystycznego, czy też komunikacji (drogi, parkingi). Na terenach ochrony krajobrazowej, z uwagi na stosunki własnościowe gruntów obowiązuje prowadzenie zrównoważonego użytkowania lasów i polan. Bardzo istotne w tej strefie jest zachowanie wszystkich istniejących zbiorowisk nieleśnych i walorów krajobrazowych.

Łączna powierzchnia Babiogórskiego Parku Narodowego wynosi aktualnie 3393,42 ha. Rozbieżność z powierzchnią Parku wyszczególnioną w Rozporządzeniu Rady Ministrów z dnia 8 sierpnia 1997 r. w sprawie Babiogórskiego Parku Narodowego (3391,55 ha) wynika ze zwiększenia dokładności pomiaru powierzchni geodezyjnej obszaru Parku.