Przyrodnicza wartość Babiej Góry jest bardzo wysoka nie tylko w skali Polski, ale także z międzynarodowego punktu widzenia. Sprawia to, że obszar ten objęty jest niejako potrójną ochroną: zgodnie z polskim prawodawstwem został on uznany za park narodowy, na podstawie dyrektyw Unii Europejskiej włączono go do sieci Natura 2000 (zarówno jako obszar siedliskowy, jak i ptasi), zaś decyzją UNESCO-MaB otrzymał jako jeden z pierwszych obszarów na świecie status rezerwatu biosfery.

Na Babiej Górze występuje szereg gatunków zwierząt wymienionych w załącznikach do Dyrektyw Ptasiej i Siedliskowej, jak również dwa gatunki roślin ujętych w tej ostatniej. Z perspektywy ochrony siedlisk obszar najwyższej w polskich Beskidach góry również należy uznać za istotny, jako że stwierdzono tutaj obecność 18 siedlisk przyrodniczych uznanych za cenne w skali europejskiej.

Wyróżnienie w postaci uznania za rezerwat biosfery Babia Góra zawdzięcza swoim unikatowym walorom przyrodniczym - jest przykładem doskonale zachowanego biomu wysokogórskiego z kompletną strefowością, długiej historii ochrony oraz intensywnie prowadzonym na jej obszarze badaniom naukowym.