Na obszarze Babiogórskiego Parku Narodowego są dwa obszary Natura 2000.
Są to:

1. Obszar mający znaczenie dla Wspólnoty Ostoja Babiogórska PLH120001 (obszar Natura 2000),
2. Obszar specjalnej ochrony ptaków Babia Góra PLB120011.

Obszar mający znaczenie dla Wspólnoty Ostoja Babiogórska PLH120001 (obszar Natura 2000)
Obszar Ostoja Babiogórska o powierzchni 3350,43 ha został ujęty w Decyzji Komisji z dnia 25 stycznia 2008 r. przyjmującej na mocy dyrektywy Rady 92/43/EWG pierwszy zaktualizowany wykaz terenów mających znaczenie dla Wspólnoty składających się na alpejski region biogeograficzny (notyfikowana jako dokument nr C(2008) 271). W kolejnych latach wykaz terenów mających znaczenie dla Wspólnoty był aktualizowany.
Obszar Ostoja Babiogórska w całości mieści się w granicach Babiogórskiego Parku Narodowego.
Obszar ten przyczynia się do zachowania lub odtworzenia stanu właściwej ochrony siedlisk przyrodniczych i gatunków roślin oraz zwierząt będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, a także znacząco przyczynia się do spójności sieci obszarów Natura 2000 i zachowania różnorodności biologicznej w obrębie danego regionu biogeograficznego.
Dla obszaru Ostoja Babiogórska PLH120001 został ustanowiony plan ochrony. Jest on zawarty w Planie ochrony dla Babiogórskiego Parku Narodowego (Dz.U. z 2019 r., poz. 1699).
Nadzór nad obszarem Ostoja Babiogórska sprawuje Dyrektor Babiogórskiego Parku Narodowego.

Obszar specjalnej ochrony ptaków Babia Góra PLB120011
Obszar specjalnej ochrony ptaków Babia Góra PLB120011 został wyznaczony Rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 5 września 2007 r. zmieniającym rozporządzenie w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 (Dz.U. Nr 179, Poz. 1275) i w Rozporządzeniu Ministra Środowiska z dnia 12 stycznia 2011 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków (Dz.U. Nr 25, Poz. 133).
Powierzchnia obszaru wynosi 4915,6 ha.
Obszar został wyznaczony w celu ochrony populacji dziko występujących ptaków. W jego granicach ptaki mają korzystne warunki bytowania.
Dla obszaru specjalnej ochrony ptaków Babia Góra PLB120011, w części pokrywającej się z obszarem BgPN został ustanowiony plan ochrony. Jest on zawarty w Planie ochrony dla Babiogórskiego Parku Narodowego (Dz.U. z 2019 r., poz. 1699).
Nadzór nad obszarem Babia Góra sprawują:

1. Dyrektor Babiogórskiego Parku Narodowego w części pokrywającej się z obszarem Parku,
2. Dyrektor Regionalny Ochrony Środowiska z siedzibą w Krakowie w części nie pokrywającej się z obszarem Parku.
   
   Sporządził: Janusz Fujak