Warunki klimatyczne Babiej Góry kształtuje wiele czynników: zróżnicowanie rzeźby i wysokości, specyficzne położenie masywu jako samotnie wyniesionej swoistej bariery orograficznej. Babiogórski klimat  wykazuje zróżnicowanie pionowe. Wraz z wyniesieniem nad poziom morza temperatura obniża się średnio o 1oC na 100m wyniesienia.

Podobnie jak i w przypadku roślinności czy gleb, także w przypadku klimatu wyraźnie uwidacznia się układ piętrowy. Najniższe piętro odpowiada pogórzu i zwane jest piętrem umiarkowanie ciepłym. Kolejne, umiarkowanie chłodne, pokrywa się z zasięgiem wysokościowym piętra regla dolnego. Piętro klimatu chłodnego rozciąga się na podobnych wysokościach jak regiel górny. Nad nim, odpowiadając pasowi kosodrzewiny wznosi się piętro klimatu bardzo chłodnego. W najwyższych partiach pokrywających się z piętrem alpejskim panuje klimat umiarkowanie zimny.

Na charakter klimatu Babiej Góry w ogromnym stopniu wpływają częste oraz silne wiatry. Przeważnie wieją one z kierunku północno-zachodniego oraz  zachodniego i niosą wilgotne, chłodne powietrze. Charakterystyczne dla tego regionu są także ciepłe wiatry południowe znane jako wiatry halne.

Położenie masywu sprawia, że nawiedzają go częste opady. Na stoki północne spada do ponad 1400 mm rocznie, a na południowe nieco mniej. Pokrywa śnieżna utrzymuje się tu nawet i przez 200 dni.

Temperatura na Babiej Górze wykazuje charakterystyczną cechę. Zjawisko nazywane inwersją temperatury spotyka się zwłaszcza zimą, a polega ono na "odwróceniu" typowych dla gór wysokości słupka rtęci - u stóp Babiej Góry jest znacznie niższa, niż na jej szczycie.

Aura bywa tu szczególnie zmienna - budzący się piękny dzień nierzadko przechodzi w deszczowe i pochmurne popołudnie czy mglisty wieczór. Częste załamania pogody spotyka się tu także zimą. Wówczas Babia Góra staje się naprawdę niebezpieczna. Po promieniach słońca kryształowo odbijającego się w bieli śniegu niemal w mgnieniu oka mogą nastąpić intensywne zamglenia lub zawieje śnieżne. Ten kapryśny charakter masywu znalazł odzwierciedlenie w przydomku "Matka Niepogod".

Wszyscy amatorzy górskich wędrówek wiosennych, letnich, jesiennych czy też zimowych powinni zachować szczególną ostrożność i zadbać o odpowiednie przygotowanie do wyjścia w góry (ciepła odzież, okrycie przeciwdeszczowe, ciepłe napoje w termosie, latarka itp.).