Zwierzęta bezkręgowe w masywie Babiej Góry reprezentowane są przez dość liczną grupę ponad 4 tysięcy gatunków.

Babiogórski masyw odznacza się licznymi cennymi przyrodniczo gatunkami bezkręgowców. Istotnym walorem faunistycznym jest odnotowanie tzw. loci typici, czyli typowych miejsc występowania nowych, opisanych z Babiej Góry taksonów.

Grupa mięczaków reprezentowana jest na Babiej Górze przez przedstawicieli ślimaków lądowych, zarówno oskorupionych, jak i nagich (78 gatunków), przedstawicieli ślimaków wodnych (11 gatunków) i małże (3 gatunki). Ciekawym przedstawicielem ślimaków nagich jest pomrów błękitny (Bielzia coerulans). Jest to duży ciemnoniebieski, czasem nawet czarnofioletowy nagi ślimak zamieszkujący oba regle, kosodrzewinę, a nawet wilgotniejsze zagłębienia w strefie alpejskiej. Do ślimaków oskorupionych należy występujący dość pospolicie lądowy ślimak zaroślowy (Arianta arbustorum).

Stosunkowo liczną grupę stanowią pajęczaki. Swoich przedstawicieli mają one wśród kosarzy, pająków, roztoczy i zaleszczotków. Pająki reprezentuje np. krzyżak dwubarwny (Araneus marmorens), rozpinający w miejscach wilgotnych na krzewach i wyższych bylinach okrągłe sieci. Grupa kosarzy w babiogórskiej faunie reprezentowana jest przez ponad 20 gatunków, z których najwięcej stwierdzono w reglu dolnym. Występuje tu bardzo rzadki górski gatunek kosarza Opilio dinaricus.

Grupa zaleszczotek odnotowana z masywu jest stosunkowo niewielka (10 gatunków). Zaleszczotek pospolity (Chelifer cancroides) występuje pod korą drzew i w gniazdach ptasich.

Z grupy roztoczy rozpoznano z masywu 103 gatunki. Należą do nich kleszcze i obrzeżki.

Najliczniejszą grupę w faunie Babiej Góry stanowią owady. Odnotowano ich około 4 tysięcy gatunków. Wśród nich znaleźć można: jętki, ważki, chrząszcze i motyle. Najliczniejszą i najlepiej poznaną grupą są chrząszcze (ponad 1500 gatunków). Zdecydowaną ich większość znaleziono w reglu dolnym. Do najcenniejszych faunistycznie gatunków należą chrząszcze piętra halnego. Szereg innych, cennych gatunków związanych jest ze specyficznym siedliskiem w reglach dolnych i górnych, czyli w lasach. Leżące w ich dnie kłody, bądź stojące martwe pnie stanowią miejsce bytowania wielu interesujących chrząszczy. W masywie Babiej Góry odnotowano liczną reprezentację biegaczy, np. zielonozłoty (Carabus auronitens) jeden z najpiękniejszych biegaczy europejskich, zimujący w starych zbutwiałych pniach, czy bardzo rzadki Carabus fabricii. Drugą w kolejności grupą (jeśli chodzi o liczebność gatunków w masywie) są muchówki. Grupa muchówek gromadzi takie rodzaje jak komar, giez, mucha czy trzmielówka. Z gatunków występujących w masywie można wymienić dwa: leń marcowy (Bibio marci) - gatunek latający w kwietniu i maju, czasami w znacznych skupiskach nad łąkami, polami i obrzeżami lasów oraz przepaśnica górska (Leucozona lucorum) - należąca do rodziny bzygowatych, latająca od maja do lipca i często siadająca na kwiatach roślin baldaszkowatych.

Najbarwniejszą grupę stanowią motyle - ich liczba sięga blisko 700 taksonów. Spotkać na Babiej Górze można takie motyle dzienne jak: rusałka admirał (Vanessa cardui) z gąsienicami żyjącymi na pokrzywach; bytujący w lasach liściastych z gąsienicami żyjącymi na wierzbach i osice - mieniak tęczowiec (Apatura iris) czy szlaczkoń siarecznik (Colias hyale) związany z biotopami łąkowymi. Do nocnych motyli zaliczyć należy rodzinę zawisakowatych z przykładowym gatunkiem nastroszem półpawikiem (Smerinthus ocellatus) związanym z topolami i wierzbami.

Błonkówki są doskonale "latającą" grupa (częstotliwość uderzeń skrzydeł dochodzi do kilkuset na sekundę!). Rozpowszechniona jest na całym świecie i gromadzi takie rodzaje jak mrówka, osa, szerszeń, trzmiel czy pszczoła. Na Babiej Górze obok 11 stosunkowo rzadkich gatunków żądłówek, żyją liczne objęte ochroną prawną trzmiele np. zakładający gniazda w terenie skalistym, szczelinach skalnych, stosach kamieni i w ziemi, trzmiel kamiennik (Bambus lapidarium).

Stosunkowo liczną grupę stanowią również pluskwiaki. Wśród różnoskrzydłych notuje się m.in. strojnicę baldaszkówkę (Graphosoma lineatum) często przebywająca na roślinach baldaszkowych. Równoskrzydłe gromadzą m.in. skoczki, mszyce, czerwce, z których wiele występuje w babiogórskim masywie. Przykładem może być pienik ślinianka (Philaenus squmarius), gatunek bardzo licznie występujący na łąkach o larwach żyjących na różnych roślinach w wydzielinie przypominającej ślinę, która chroni przed wrogami i wysychaniem.

Blisko 100 gatunków liczą chruściki - owady przypominające pokrojem motyle, o szarym zabarwieniu. Jedne formy tych owadów zasiedlają wody stagnujące, a drugie wody płynące.

Kolejną z uwagi na liczbę gatunków grupą są widelnice, których przedstawicieli spotkać można aż po wysokość 1620m n.p.m.

Jętki i ważki reprezentowane są na  Babiej Górze przez 40 gatunków. Faunę ważek Babiej Góry reprezentuje łunica (Pyrrhosoma nymphula), latająca nad brzegami wód stojących i często siadająca na przybrzeżnych roślinach.

Na uwagę zasługują także prostoskrzydłe (ok. 20 gatunków). Jednym z przykładów może być zrówieńka górska (Isophia pyrenaea) - owad występujący latem na drzewach, krzewach i wyższych roślinach zielnych górskich łąk i polan.