Ryby

Do najniżej uorganizowanych przedstawicieli kręgowców zalicza się ryby. Zwierzęta te na Babiej Górze występują w górskich potokach i reprezentowane są przez dwa typowe dla gór gatunki - pstrąga potokowego (Salmo trutta m. fario) i głowacza pręgopłetwego (Cottus poecilopus). Pstrąga spotyka się do wysokości 1100 m n.p.m., natomiast głowacza nieco niżej, bo do około 900 m n.p.m. Potoki południowych stoków masywu różnią się od północnych brakiem występowania pstrąga, a co się z tym wiąże liczniejszym występowaniem głowacza.

Płazy

Babiogórskie płazy liczą 11 gatunków. Należą do nich traszki: górska (Triturus alpestris), karpacka (T. montandoni), grzebieniasta (T. cristatus) i zwyczajna (T. vulgaris), salamandra plamista (Salamandra salamandra), kumak górski (Bombina variegata), ropuchy: szara i zielona (Bufo bufo i B. viridis), żaby: wodna (Rana esculenta), jeziorkowa  (R. lessonae) i trawna. (R. temporaria). Cechą charakterystyczną fauny Babiej Góry jest występowanie gatunków górskich (salamandra plamista, traszka karpacka i górska oraz kumak górski).

Przedstawicielami płazów ogoniastych są traszki górska i karpacka. Oba te gatunki występują w porze godowej w stawkach położonych w lasach regla dolnego.

Na uwagę zasługuje salamandra plamista, nieco niezgrabny, przypominający dinozaury, płaz ogoniasty.

Gady

Gady reprezentowane są na Babiej Górze przez takie gatunki, jak: jaszczurka beznoga - padalec zwyczajny (Anguis fragilia), jaszczurka żyworodna (Lacerna vivipara) i zwinka (L. agilis) oraz z węży: - zaskroniec zwyczajny (Natrix natrix) i żmija zygzakowata (Vipera berus).

Padalec zwyczajny zamieszkuje niższe położenia po regiel dolny. Przedstawiciele tego gatunku raczej unikają światła, a  ich aktywność wzrasta wieczorem.

Jaszczurka żyworodna jest na Babiej Górze dość często spotykana i występuje od regla dolnego, aż po piętro alpejskie. Jaszczurka żyworodna lubi stanowiska wilgotne i podmokłe oraz śródleśne polany. Przestraszona chroni się w wodzie, a nawet potrafi zagrzebać się w mule. Drugi gatunek, jaszczurka zwinka, jest gatunkiem rzadkim i spotykana bywa głównie w kosodrzewinie.
Jaszczurka zwinka choć jest najpopularniejszą polską jaszczurką, to jednak na Babiej Górze zaliczana jest do gatunków rzadkich.

Zaskroniec zwyczajny jest niezbyt często spotykany na terenie masywu. Preferuje tereny podmokłe i wilgotne - potrafi nawet doskonale pływać i nurkować.

Jedynym jadowitym gadem zamieszkującym Babią Górę jest żmija zygzakowata. Choć występuje nielicznie obecna jest we wszystkich piętrach roślinnych. W słoneczne dni lubi wygrzewać się na pniakach lub kamieniach.