W masywie Babiej Góry odnotowano występowanie około 50 gatunków ssaków, z czego większość reprezentują gatunki ssaków drobnych należących do owadożernych, gryzoni i nietoperzy. Pozostałe  gatunki to przedstawiciele  ssaków większych: zajęczaków, drapieżnych i kopytnych.

Do owadożernych zamieszkujących te tereny należą: jeż wschodni (Erinaceus concolor), kret (Talpa europaea), ryjówka aksamitna (Sorex araneus), malutka (S. minutus) i górska (S. alpinus), rzęsorek rzeczek (Neomys fodiens) oraz zębiełek karliczek (Crocidura suaveolens). Wszystkie, oprócz jeża należą do ssaków typu grzebiącego. Preferują raczej tereny otwarte, bowiem korzenie drzew czy krzewów stanowią dla nich bariery w zdobywaniu areałów podziemnych.

Jeż wschodni zajmuje stanowiska pogórza i regla dolnego. Podobne tereny zasiedla kret. Natomiast szersze rozmieszczenie cechuje ryjówkę aksamitną i malutką, które spotyka się od piętra pogórza po strefę alpejską. Trzeci gatunek ryjówki, ryjówka górska, jest gatunkiem zamieszkującym głównie piętra reglowe. Rzęsorek rzeczek spotykany był od granicy pól uprawnych po regiel górny.  Zębiełek karliczek był podawany z niższych położeń sięgających zaledwie regla dolnego. Większość tych zwierząt wykazuje aktywność nocną, dnie spędzając w norkach. Rzęsorek rzeczny przystosował się także do wodnego trybu życia - na jego nogach i ogonie znajdują się włosy pławne, zwiększające powierzchnię ogona i stóp, przez co ułatwiają pływanie.

Rząd nietoperzy reprezentują następujące gatunki: z rodzaju nocek - Natterera (Myotis nattereri), wąsatek (M. mystacinus), rudy (M. daubentonii); z rodzaju mroczek - posrebrzany (Vespertilio murinus), pozłocisty (Eptesicus nilssonii), późny (Eptesicus serotinus) oraz borowiec wielki (Nyctalus noctula) i gacek brunatny (Ploecotus auritus). Fauna nietoperzy Babiej Góry jest stosunkowo słabo poznana. Nocek Natterera i rudy oraz mroczek posrebrzany i pozłocisty, a także borowiec wielki to gatunki obserwowane w babiogórskich lasach oraz dolinach dolnych biegów potoków. Natomiast występowanie mroczka późnego w niższych położeniach oraz zawsze w sąsiedztwie zabudowań sugeruje jego synantropijny charakter. Nietoperze prowadzą nocny tryb życia, polują wówczas głównie na owady. Na swoje schronienia wybierają załomy skalne, jaskinie bądź dziuple drzew.

Drobne gryzonie stanowią bardzo liczną grupę zwierząt. Znaleźć wśród nich można na Babiej Górze wiewiórkę (Sciurus vulgaris), nornicę rudą (Clethrionomys glareolus), karczownika ziemnowodnego (Arvicola terrestris), darniówki tatrzańską (Microtus tatricus) i zwyczajną (M. subterraneus), nornika brunatnego (Microtus agrestis), polnika (M. arvalis), mysz leśną (Apodemus  flavicollis), zaroślową (A. sylvaticus), polną (A. agrariusz) i domową (A. musculus), szczura wędrownego (Raptus norvegicus), smużkę (Sicista betulina), żołędnicę (Eliomys quercinus), koszatkę (Dryomys nitedula), popielnicę (Glis glis) i orzesznicę (Muscardinus avellanarius). Zdecydowana większość gryzoni zamieszkuje strefę leśną. Niektóre jednak, np. polnik, notowany był aż pod szczytem Babiej Góry. Najniższe położenia są siedliska myszy polnej i karczownika. Nieco wyżej, bo w reglu dolnym spotkać można wiewiórkę. Orzesznicę i żołędnicę spotykano w kosodrzewinie. Część z nich, np.norniki, darniówki czy myszy żyją na ziemi, a w zasadzie pod ziemią - w norkach, które zakładają przeważnie na terenach otwartych, nieleśnych. Koszatki, smużki, żołędnice, popielice i orzesznice prowadzą nadrzewny tryb życia, zamieszkując gniazda i dziuple w lasach liściastych lub mieszanych; wykazują też aktywność nocną.

Grupa ssaków większych obejmuje kilkanaście gatunków. Najliczniejszą grupę stanowią drapieżne. Pojedynczo reprezentowane są zajęcokształtne i kopytne.

Drapieżne reprezentują: niedźwiedź brunatny (Ursus arctos), ryś (Lynx lynx), wilk (Canis lapus), lis (Vulpes vulpes), borsuk (Meles meles), wydra (Lutra Lutra), kuna domowa (Marten foina) i leśna (M. martes) oraz tchórz (Mustela putorius) i gronostaj (Mustela erminea).

Największy z ssaków Babiej Góry, niedźwiedź brunatny obserwowany jest w masywie od lat, choć nie jest stałym jej mieszkańcem. Jego areał obejmuje lasy od pasma Wielkiej Raczy po rejon Babiej Góry wraz z lasami po stronie słowackiej. Obserwowano zarówno samotne osobniki dorosłe, jak i samice z młodymi.

Stałym mieszkańcem Babiej Góry jest ryś. Ten piękny kot przywiązuje się bardzo do swego areału i miejsca zamieszkania. Prowadzi samotniczy tryb życia, a jego aktywność wzrasta z nadejściem zmroku.

Obecność wilków na Babiej Górze daje się zauważyć głównie w reglach. Zwierzęta te żyją w stadach zwanych watahami. Z uwagi na dość duży areał występowania często przemieszczają się poza granice Parku. 

Borsuk zakłada swoje nory na Babiej Górze do wysokości około 1100 m n.p.m. Latem jednak wędruje wyżej, bo do około 1500 m wyniesienia. Wraz z grupą rodzinną liczącą od kilku do kilkunastu osobników, zamieszkuje rozbudowany, wielokanałowy system nor.

W masywie babiogórskim odnotowano także obecność dwóch  kun: domowej i leśnej (tumak). Kuna leśna zajmuje głównie strefy regli, natomiast domowa niższe oraz wyższe położenia.

Tchórz podobnie jak i gronostaj jest mieszkańcem najniższych położeń górskich i występuje u podnóży Babiej Góry. Jako gatunek synantropijny towarzyszy zabudowaniom ludzkim i zamieszkuje skraje lasów, łąk, pól.

Zając należy do gatunków łownych. Jego ślady spotykane są na Babiej Górze nawet w piętrze kosodrzewiny, a także pod Diablakiem. Zagęszczenie tego gatunku jednak maleje wraz z wyniesieniem, a populacja wydaje się być niezbyt liczna.

Jelenie penetrują masyw Babiej Góry od piętra pogórza aż po hale położone nad górną granicą lasu. W pełni okresu wegetacyjnego niemal wszystkie zwierzęta przebywają w górnej części masywu. Przełom września i października jest okresem godowym dla tego gatunku. W górnej strefie regla dolnego mają miejsce rykowiska. Z nastaniem zimy jelenie schodzą w niższe położenia, co zależy od tempa nagromadzania się pokrywy śnieżnej.

Sarny na Babiej Górze występują przede wszystkim w reglu dolnym. W reglu górnym oraz ponad górną granicą lasu nie są spotykane. Ich liczebność w masywie jest znaczna. Mogą przyczyniać się do niszczenia odnowień poprzez zgryzanie pędów.