Królestwo zwierząt obejmuje na Babiej Górze reprezentantów wielu grup systematycznych. Uznaje się, że z tego terenu znanych jest blisko 4500 gatunków. Zanotowano między innymi obok bardzo licznych bezkręgowców (wśród których najliczniejsze są owady), 188 kręgowców (z ponad 100 gatunkami ptaków). Występowanie wielu zwierząt, głównie bezkręgowych, jest ściśle powiązane z układem pięter roślinnych. Pozostałe gatunki reprezentujące większe zwierzęta mają większy areał występowania, zasiedlają większe obszary i można spotkać je w kilku strefach.

Dolny regiel Babiej Góry odznacza się bogatszą szatą roślinną od regla górnego; jest też bogatszy faunistycznie. Badania naukowe dotyczące pionowego rozmieszczenia gatunków zwierząt wykazują, że istotną przeszkodą dla występowanie wielu gatunków (na przykład pająków czy mięczaków) jest górna granica lasu. Dowodzi tego między innymi 10-krotnie mniejsza liczba gatunków chrząszczy w piętrze alpejskim w porównaniu z piętrem regla dolnego.

Z kolei bardzo interesującym obszarem badań faunistycznych jest strefa kosodrzewiny i alpejska. Dzięki wyraźnemu odosobnieniu masywu stanowi ona jakby odizolowaną "wyspę", co sprzyja występowaniu populacji zwierząt nie kontaktujących się z podobnymi im populacjami w takich strefach sąsiednich łańcuchów górskich.